Gagasan pendirian PUNDI SUMATRA mulai muncul pada tahun 2006, sebagai hasil proses-proses diskusi multipihak pemangku kepentingan dalam pengelolaan Sumber Daya Alam di Sumatra. Pada tanggal 19 Oktober 2006, para pihak yang terdiri dari unsur LSM, Organisasi Rakyat, Lembaga Penelitian, Pemerintah Daerah, Dunia Usaha, dan Lembaga Donor menyepakati dibentuknya Community Foundation (CF) di Sumatra dengan nama SSS-PUNDI SUMATRA (Sumatra Sustainable Support – Perkumpulan Untuk Kemandirian Masyarakat Sipil di Sumatra). Lembaga ini kemudian dikukuhkan secara legal dalam Akta Notaris Rahmadhani Hidayat, SH., M.Kn Nomor 16, tanggal 18 Maret 2009. Mandat utama pendirian PUNDI SUMATRA adalah untuk mendukung komunitas agar mampu mengelola dan mendapatkan manfaat dari pengelolaan sumber daya alam secara berkelanjutan.