Program ini berfokus pada upaya konservasi yang terarah, mencakup perlindungan kawasan bernilai konservasi tinggi, pelestarian Daerah Aliran Sungai (DAS), serta penyelamatan spesies kunci yang terancam punah, seperti harimau Sumatra, gajah Sumatra, dan badak Sumatra.
Selama hampir satu dekade terakhir, berbagai proyek konservasi telah dijalankan melalui kerja sama dengan NGO lokal. Beberapa di antaranya meliputi pelestarian harimau Sumatra di lanskap Taman Nasional Bukit Tigapuluh (TNB30) dan Taman Nasional Kerinci Seblat (TNKS). Upaya pelestarian gajah Sumatra dilakukan di Taman Nasional Way Kambas (TNWK), Taman Nasional Bukit Barisan Selatan (TNBBS), Taman Nasional Bukit Tigapuluh (TNB30), Taman Nasional Tesso Nilo (TNTN), dan Taman Nasional Berbak Sembilang (TNBS). Sementara itu, konservasi badak Sumatra difokuskan di lanskap Taman Nasional Way Kambas (TNWK).
Program dengan misi memfasilitasi kegiatan konservasi, perlindungan, restorasi, dan pemanfaatan hutan tropis di Sumatra secara berkelanjutan ini bekerja dengan 4 pilar utama yakni:
Penguatan Kelembagaan dan Kebijakan pada seluruh Pemangku Kepentingan
Penguatan Upaya Intervensi di Tingkat Bentang Alam demi Mempertahankan, Melindungi dan Meningkatkan fungsi Ekologis, Mengurangi Deforestasi dan Degradasi
Perlindungan Habitat dan Populasi Satwa Kunci (key species) yang terancam Punah antara lain Harimau Sumatra (Panthera tigris sumatrae), Badak Sumatra (Dicerorhinus sumatrensis), Orangutan Sumatra (Pongo abelii), dan Gajah Sumatra (Elephas maximus sumatranus)
Penguatan Masyarakat Lokal dan Peningkatan Kesejahteraannya
Kawasan prioritas yang difasilitasi oleh Pundi Sumatra mencakup bentang alam Kerumutan-Semenanjung Kampar-Senepis, Ekosistem Kerinci Seblat, Sembilang Berbak, serta Taman Nasional Tesso Nilo dan Taman Nasional Bukit Tigapuluh. Hingga saat ini, sebanyak 48 mitra lokal telah mendapatkan fasilitasi, dengan wilayah kerja yang tersebar di bentang alam tersebut.
Pundi Sumatra juga berperan dalam memberikan asistensi kepada mitra dalam pengelolaan program dan keuangan, memperkuat keberterimaan serta dukungan para pemangku kepentingan terhadap inisiatif yang dijalankan mitra, serta meningkatkan kapasitas mitra melalui berbagai rangkaian pelatihan dan berbagi pembelajaran (share learning). Selain itu, Pundi Sumatra turut melakukan pendokumentasian pembelajaran, publikasi hasil-hasil program, serta memfasilitasi pertukaran pengetahuan antar mitra pelaksana untuk memperkuat efektivitas dan dampak program konservasi yang dijalankan.