Dalam pelaksanaannya, PUNDI SUMATRA bekerja pada berbagai tingkatan rantai pasok (on farm, off farm, market), tetapi memberikan perhatian dan focus lebih besar dalam pendampingan pada tahapan produksi dan pengolahan berdasarkan analisis atas pasar secara konprehensif. Pendampingan juga dilakukan dalam upaya membangun arena bermain yang memunginkan untuk terjadinya kerjasama usaha antara masyarakat dengan pelaku rantai pasok yang lain. Pilihan ini diambil oleh Pundi Sumatra karena terdapat petani, masyarakat pinggir hutan dan juga jutaan pelaku UMKM yang masih memiliki berbagai keterbatasan untuk dapat berperan dan menerima manfaat secara lebih baik dibandingkan actor rantai pasok lain.

Alasan lain karena pada tahapan produksi dan pengolahan ini berbagai masalah lingkungan dan sosial sangat menonjol seperti perlindungan biodiversity, degradasi hutan dan lahan, penggunaan bahan kimia berlebihan, dan juga konflik sosial serta konflik lingkungan. Sejauh ini, komoditas yang telah didukung melalui program ini diantaranya Gaharu, Kopi, Madu Hutan dan Madu Budidaya, Beras Ramah Lingkungan, Gambir, Karet dari kebun agroforestry, Damar, dan juga kayu tebang lestari dan hutan rakyat.